Настройки NetMap, в частности, информация о порядке хостов хранится для сервисов в другом месте. Если Вы ставите и настраиваете NetMap как сервис, то в дальнейшем запускайте ее как сервис (т.е. не пользуйтесь запуском из меню Пуск), тогда все настройки будут сохраняться.

Спасибо за программу, очень нужная и полезная разработка! Сорри за вопрос, но не понимаю как запускать программу как сервис - установил все по инструкции, но как попасть в настройки если не через меню Пуск?

Я создал ярлык "C:\Program Files\IMach\NetMap\NetMap.exe" /service но по-моему netmap запустился как приложение. по крайней мере порядок хостов не изменился и про logoff статистика прекращает собираться

Порядок запуска в режиме сервиса описан в разделе 3.3 файла Readme. Это сложнее, чем создание ярлыка (причем не все необходимые программы входят в стандартную поставку Windows). Ключ /service блокирует встроенный автозапуск, чтобы он не конфликтовал с сервисным.